doi: 10.15389/agrobiology.2025.6.rus
УДК 636.32/.38:575.224
Работа выполнена в рамках государственного задания Министерства науки и высшего образования Российской Федерации (тема Nº 1023083000004-7-4.1.1 «Генетические ресурсы карачаевской породы лошадей и карачаевской породы овец в разных эколого-географических зонах»).
ПОЛИМОРФИЗМ ПО МИКРОСАТЕЛЛИТНЫМ ЛОКУСАМ
У КАРАЧАЕВСКОЙ ОВЦЫ Ovis aries L.
Т.А. ЭРКЕНОВ1✉, Х.М. ДЖАТДОЕВ1, Е.А. КУЛИКОВА2
Сокращение биоразнообразия требует особого внимания к изучению и сохранению локально адаптированных аборигенных пород. Карачаевская овца обладает повышенной способностью адаптироваться к условиям высокогорья (более 3000 м над уровнем моря). В настоящей работе с использованием стандартной панели, рекомендованной Международным обществом генетики животных (ISAG), в ООО Племенной завод «Махар» (юго-восточная зона Карачаево-Черкесской Республики, высота от 1000 до 3000 м над уровнем моря) выполнен анализ полиморфизма по микросателлитным локусам. Получены данные о существенных различиях полиморфизма между локусами, а также между типичными для карачаевской породы по сравнению с результатами генотипирования тех же локусов у других пород овец, представленными в литературе. Наибольшее число аллельных вариантов обнаружено у карачаевской породы по локусу OarFCB20 (17 аллелей), наименьшее — по локусам ETH152 и MAF214 (по 7 аллелей каждого). Относительно пониженный полиморфизм по локусу MAF214 отмечался у разных пород овец, но, в отличие от результатов других исследований, у карачаевской породы выделились два типичных для нее аллельных варианта — вариант 189 п.н. и вариант 191 п.н., выявляемых суммарно в 83 % случаев. У 5 из 6 самцов в выборке обнаружены четыре гомозиготы по аллелю 189 п.н. и одна по аллелю 191 п.н.. Наибольший процент гетерозигот наблюдался у овцематок по локусам McM42, McM527, OarFCB20, INRA172, MAF65, INRA5, почти в 2 раза меньшие значения отмечали по локусам INRA6 и CSRD247. В большинстве микросателлитных локусов можно было выделить один или два аллеля, обозначенные как типичные, которые встречались в 20 % случаев или чаще. Исключение составляли локусы OarFCB20 (17 аллелей) и INRA5 (15 аллелей), у которых таких типичных аллелей не обнаружено. Все микросателлиты представлены динуклеотидными тандемными повторами, типичные аллели по трем из них различались на один коровый мотив (локус McM527 — аллели 164 и 166 п.н.; MAF65 — 125 и 127 п.н.; MAF214 — 189 и 191 п.н.). Наблюдается тенденция к совпадениям присутствия аллелей разных микросателлитов в случае локусов INRA6 (9 аллелей) и CSRD247 (9 аллелей) между аллелями соответственно 110 и 213 п.н. Оба эти аллеля встречаются среди выявленных с частотой 61 % каждый, из них 20 % совпадают в гетерозиготах, 18 % — в гомозиготах. Полученные данные свидетельствуют о широкой изменчивости числа аллельных вариантов между микросателлитными локусами как у карачаевской породы, так и в одном и том же микросателлите у разных пород овец. Обсуждается важность анализа полиморфизма микросателлитных локусов в связи с большим объемом данных о животных сельскохозяйственных видов. На основании накопленных данных могут быть выявлены геномные участки, на которые факторы внешней среды влияют с разной интенсивностью, приводя к изменчивости числа аллелей в разных локусах.
Ключевые слова: карачаевская порода, микросателлитные локусы, аллели, гомо- гетерозиготы, высокогорные условия.
MICROSATELLITE POLYMORPHISM IN KARACHAY SHEEP Ovis aries L.
T.A. Erkenov 1✉, Kh. M. Dzhatdoev1, E.A. Kulikova2
Biodiversity decline requires special attention to the study and conservation of locally adapted aboriginal breeds. Karachay sheep have an increased ability to adapt to high-altitude conditions (over 3,000 m above sea level). In this study, using a standard panel recommended by the International Society of Animal Genetics (ISAG), a microsatellite polymorphism analysis was performed at the Makhar Breeding Farm (southeastern part of the Karachay-Cherkess Republic, at altitudes from 1,000 to 3,000 m above sea level). Data were obtained on significant differences in polymorphism between different loci, as well as between the typical polymorphism for the Karachay breed, compared to genotyping results for the same loci in other sheep breeds presented in the literature. Specifically, the highest number of allelic variants was found in the Karachay breed at the OarFCB20 locus (17 alleles), while the lowest number was found at the ETH152 and MAF214 loci (each with 7 alleles). Relatively low polymorphism at the MAF214 locus was observed in various sheep breeds, but unlike the results of other studies, two typical allelic variants, 189 and 191, were distinguished in the Karachay breed, accounting for a total of 83 % of cases among others. In five of the six males studied, four homozygotes for the 189 bp allele and one for the 191 bp allele were detected. The highest heterozygous values (in %) were observed in ewes at the McM42, McM527, OarFCB20, INRA172, MAF65, and INRA5 loci, and almost two times lower values were observed at the INRA6 and CSRD247 loci. At most microsatellite loci, one or two alleles could be identified, occurring at 20 % or more of all alleles, designated as typical. The exceptions were the OarFCB20 (17 alleles) and INRA5 (15 alleles) loci, for which such typical alleles were not detected. All microsatellites are represented by dinucleotide tandem repeats, typical alleles for three of them differed by one repeat (locus McM527 — alleles 164 bp, 166 bp; MAF65 — 125 bp, 127 bp; MAF214 — 189 bp, 191 bp). A certain tendency towards coincidences in the presence of allelic variants of different microsatellites was observed for INRA6 (9 alleles) and CSRD247 (9 alleles) loci between alleles 110 bp and 213 bp, respectively. Both of these alleles were found at a frequency of 61 % each of all identified alleles, of which 20 % coincided in heterozygotes and 18 % in homozygotes. The obtained data demonstrate wide variability in the number of allelic variants between microsatellite loci both in the Karachay breed and within the same microsatellite in different sheep breeds. The importance of analyzing microsatellite loci polymorphisms is discussed in connection with the large database accumulated in agricultural animal species, which makes it possible to identify genomic regions that differ, in particular, in the intensity of the influence of environmental factors, potentially leading to variability in the number of alleles.
Keywords: Karachay sheep, microsatellite loci, alleles, homo-heterozygotes, high-mountain conditions.
1ФГБОУ ВО Северо-Кавказская государственная |
Поступила в редакцию Принята к публикации |
