Сельскохозяйственная биология, 2013, № 5, с. 118-121.

doi: 10.15389/agrobiology.2013.5.118rus

УДК 632.4:577.29:632.08

МОЛЕКУЛЯРНЫЙ АНАЛИЗ МИКОЛОГИЧЕСКОГО ПОРАЖЕНИЯ ДРЕВЕСИНЫ

Е.Е. АНДРОНОВ¹, Е.П. ЧИЖЕВСКАЯ¹, А.Г. ПИНАЕВ¹, С.А. ПАВЛОВ²

Оценка микологического поражения образцов древесины традиционно проводится с помощью культивирования, продолжительность которого может составлять до нескольких месяцев. Нами продемонстрирована возможность применения методов молекулярной биологии для таксономического и количественного анализа при грибном поражении древесины. С использованием секвенирования библиотеки диагностического фрагмента межгенного участка ITS рибосомального оперона и ПЦР с детекцией в реальном времени обнаружено, что 75 % популяции, населяющей проанализированный образец древесины (фрагмент эксплуатируемой деревянной конструкции), относится к виду Aureobasidium pullulans. Показано, что примененный подход имеет большие преимущества перед традиционными методами микологической экспертизы, так как он универсален, доступен для большинства современных отечественных лабораторий и не зависит от культивирования. Метод характеризуется высокой скоростью выполнения анализов (3-4 сут) и довольно низкими затратами (1-2 тыс. руб. на образец). Основное достижение разработанного протокола заключается в возможности выявлять разнообразие в микробных сообществах, которое до последнего времени, по всей видимости, недооценивалось. Без существенных модификаций предложенный метод может быть перенесен в рутинную сельскохозяйственную практику для детекции грибных патогенов.

Ключевые слова: грибное поражение, древесина, ITS, ПЦР с детекцией в реальном времени, Aureobasidium pullulans.

Полный текст

MOLECULAR ANALYSIS OF FUNGAL WOOD DECAY

E.E. Andronov¹, E.P. Chizhevskaya¹, A.G. Pinaev¹, S.A. Pavlov²

A conventional analysis of fungal decay of wood is based on cultivation dependent approaches and can take up to several months. Here we demonstrate a possibility of molecular methods use for taxonomical and quantitative analyses of fungal wood decay. Using the sequencing of ITS libraries and real-time PCR we showed that 75 % of fungal population of the wood sample analysed is represented by Aureobasidium pullulans specie. The approach applied has great advantages over traditional cultivation dependent approaches because of its versatility, availability and cultivation independency. The method is characterized by its high speed (3-4 days) and low cost (1000-2000 rub. per sample). Our protocol’s main achievement is the ability to identify real diversity of fungal population. The method can be transferred in routine agricultural practice for fungal pathogen detection.    

Keywords: fungal decay of wood, ITS, Real-time PCR, Aureobasidium pullulans.

Оформление электронного оттиска