УДК 635.263:578.85/.86:578.2:577.217

ОБНАРУЖЕНИЕ НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ, КОДИРУЮЩИХ DCL-БЕЛКИ В РАСТЕНИЯХ ШАЛОТА Allium cepa L. var. aggregatum G. Don

А.В. АРХИПОВ, В.К. ВИШНИЧЕНКО

Впервые в мировой литературе представлены полученные с помощью методов полимеразной цепной реакции, секвенирования и компьютерного анализа доказательства экспрессии в растениях лука-шалота (Allium cepa L. var.aggregatum G. Don) нуклеотидных последовательностей, кодирующих полипептиды, гомологичные известным растительным DCL-белкам (Dicer-like). В составе исследуемых полипептидных цепей выявлены характерные для молекулы DCL-белка домены dsRNA bind, PAZ и RIBOc. Решение поставленной задачи оказалось возможным только при применении диагностических праймеров, дизайн которых базировался на использовании информации по EST-последовательно-стям (expressed sequence tags) у Alliumsativum (база данных GarlicESTdb). Результаты позволяют сделать вывод о высокой степени дивергенции DCL-белков арабидопсиса, тополя и риса, с одной стороны, и растений рода Allium — с другой, что выявляется на уровне как нуклеотидных последовательностей мРНК, так и аминокислотных последовательностей исследуемых полипептидов.

Ключевые слова: РНК-интерференция, белки Dicer и Dicer-like (DCL), лук-шалот (AlliumcepaL. var. aggregatum), Х-вирус шалота.

 

Полный текст

 

THE DICER-LIKE PROTEINS CODING NUCLEOTIDE SEQUENCES IN SHALLOT Allium cepa L. var. aggregatum G. Don

A.V. Arkhipov, V.K. Vishnichenko

For the first time in the world literature the authors presented the evidence of expression in shallot plants(Allium cepa L. var. aggregatum G. Don) of nucleotide sequences coding the polypeptides homologous to known plant Dicer-like protein (DCL), obtained by PCR, sequencing and computer analysis. The investigated polypeptides contain specific for DCL-protein the dsRNA bind, PAZ and RIBOc domens. The solution of assigned task is available only with use of diagnostic oligonucleotide primers, the design of which was accomplished on the basis of information on EST-sequences (expressed sequence tags) in Allium sativum (GarlicESTdb integrated database). The results permit to draw a conclusion about high extent of divergence of DCL-proteins in Arabidopsis, poplar, rice, on the one hand, and the plants of Allium genus, on the other hand, that is revealed on level both nucleotide sequences of mRNA, and amino acid sequences of studied polypeptides.

Keywords: RNA-interference, Dicer&Dicer-like (DCL) proteins, shallot (Allium cepa L. var. aggregatum), Shallot virus X.

ГНУ Всероссийский НИИ сельскохозяйственной
биотехнологии Россельхозакадемии,
127550 г. Москва, ул. Тимирязевская, 42,

e-mail:vish@iab.ac.ru

Посупила в редакцию
6 июня 2011 года

 

Оформление электронного оттиска

назад в начало